Для немцев это было поражением, поскольку их целью было взять диверсантов живыми, чтобы под пытками выудить из них как можно больше информации об участниках и деятельности подполья. Фашисты, проникнув в крипту, осквернили старые могилы. Кости священников из гробниц были выброшены на пол.

В 3.45 утра, отборные группы войск СС и гестапо под командованием бригадефюрера СС Карла фон Тройенфельда окружили собор. Около четырех часов утра начался бой между скрывавшимися в храме семью храбрецами и окружившими храм сотнями фашистов.

После покушения, священники православного храма Кирилла и Мефодия в Праге, отец Владимир Петржек, настоятель храма протоиерей Вацлав Чикл, староста Ян Зонневенд и пономарь Вацлав Орнест укрывают парашютистов-десантников в склепе храма. О месте укрытия было договорено заранее.

Сразу же после смерти Гейдриха, в адрес Гиммлера пришло огромное количество телеграмм-соболезнований, как от руководящих чинов рейха и военачальников, так и от представителей стран-сателлитов и даже от украинских националистов

В 1938 году треть территории Чехословакии оккупирует Германия, а 15 марта 1939 года фашисты подчиняют себе всю страну. В сентябре 1941 года протектором Богемии и Моравии становится правая рука Гитлера, один из инициаторов и архитекторов «окончательного решения еврейского вопроса»,